過去曾有納稅義務人利用土增稅與房地合一稅之間的稅率差異，在土地漲價總數額上「動手腳」，藉此避稅，不過房地合一2.0上路後，此路已不通，財政部限制土地漲價總數額僅能按公告現值計算，超過部分的土增稅才能以費用減除，關起這扇避稅巧門。
出售不動產牽涉到土增稅及房地合一稅，其中在房地合一稅制設計上，為避免重複課稅，在計算課稅所得時，可減除土增稅稅基，也就是土地漲價總數額。現行土地稅法規定，在計算土地漲價總數額時，可選擇按「公告現值」或「申報現值」來計算，財政部發現，過去曾有交易雙方透過約定較高申報移轉現值，來提高土地漲價總數額，雖然會使土增稅增加，但同時也讓房地合一稅負擔大降，因此財部在房地合一2.0修法中也出手防堵。
舉例而言，甲君出售適用房地合一制房屋，持有一年就出售，成交價100萬元，取得成本60萬元，出售時公告土地現值為40萬元，申報現值為80萬元，前次移轉現值為40萬元。
若甲君以申報現值減除前次移轉現值來計算漲價總數額為40萬元，土增稅率以10%計，需繳納4萬元；房地合一稅方面，依據2.0規定，僅能以公告現值計算漲價總數額，此案為0，而多繳的4萬元土增稅才可減除，因此仍應繳納16.2萬元房地合一稅。〔（100萬元-60萬元-0-4萬）x45%〕
